Ο σεισμός των 4,9 Ρίχτερ με επίκεντρο τη θαλάσσια περιοχή νότια της Αμοργού, στις 8 Ιουλίου δεν φαίνεται να ανησύχησε ιδιαίτερα τον πληθυσμό των Κυκλάδων, που συνέχισε τις καθημερινές του δραστηριότητες. Όμως ο Εγκέλαδος είχε ήδη προειδοποιήσει για το τι θα ερχόταν… Τα ξημερώματα της 9 Ιουλίου 1956, στις 05:11 εκδηλώθηκε ο μεγαλύτερος σε μέγεθος σεισμός στον ευρωπαϊκό χώρο τον 20ο αιώνα. Ο σεισμός ήταν μεγέθους 7,5 βαθμών της κλίμακας Ρίχτερ και όπως έγραψαν χαρακτηριστικά οι εφημερίδες της εποχής, η σεισμική δόνηση ισοδυναμούσε με την έκρηξη 10.000 ατομικών βομβών.
Ο σεισμός έπληξε κατά βάση τη Σαντορίνη, όπου καταμετρήθηκαν 53 νεκροί και καταγράφηκαν οι σοβαρότερες ζημιές. Το 35% των σπιτιών κατέρρευσαν και το 45% παρουσίασαν μεγάλες ή μικρές ζημιές. Ολοσχερώς καταστράφηκαν σχεδόν όλα τα δημόσια κτίρια. Εκτός από τη Σαντορίνη, σοβαρές βλάβες υπέστησαν τα νησιά Αμοργός, Ανάφη, Αστυπάλαια, Ίος, Πάρος, Νάξος, Κάλυμνος, Λέρος, Πάτμος και Λειψοί. Συνολικά, καταστράφηκαν 529 σπίτια, 1.482 έπαθαν σοβαρές βλάβες και 1.750 ελαφρές. Οι τραυματίες ξεπέρασαν τους 100.
Ο κύριος σεισμός και το τσουνάμι
Ο κύριος σεισμός συνοδεύτηκε από μεγάλο θαλάσσιο κύμα βαρύτητας (τσουνάμι), το ύψους του οποίου έφθασε τα 25 μέτρα στη νοτιοανατολική ακτή της Αμοργού, τα 20 μ. στη βορειοδυτική ακτή της Αστυπάλαιας, τα 10 μ. στη Φολέγανδρο και ήταν ασθενέστερο σε διάφορες άλλες ακτές του Νοτίου Αιγαίου μέχρι τη Σμύρνη. Από το τσουνάμι μία γυναίκα έχασε τη ζωή της στην Κάλυμνο, σύμφωνα με τα δημοσιεύματα της εποχής. Το τσουνάμι εξασθενημένο έφθασε μέχρι την Καλαμάτα και κατέστρεψε πολλές μικρές βάρκες που βρίσκονταν στο λιμάνι.
Ο σεισμός έβαλε σε δοκιμασία τον κρατικό μηχανισμό, που δεν είχε συνέλθει ακόμη από τους μεγάλους σεισμούς του 1953 στη Ζάκυνθο, την Κεφαλλονιά και την Ιθάκη και η Σαντορίνη κηρύχθηκε σε κατάσταση «τοπικής συμφοράς μεγάλης εκτάσεως».
Ο καθηγητής σεισμολογίας του Αριστοτέλειου Πανεπιστήμιου Θεσσαλονίκης Κώστας Παπαζάχος είχε πει: «Ένας από τους μεγαλύτερους σεισμούς του 20ου αιώνα που χτύπησε ξημερώματα της 9ης Ιουλίου του 1956 σχεδόν ισοπέδωσε τη Σαντορίνη προκαλώντας έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας και τεράστιο παλιρροϊκό κύμα.
Ο σεισμός που έλαβε χώρα στο ρήγμα της θαλάσσιας λεκάνης της νότιας Αμοργού, ήταν ο μεγαλύτερος σεισμός του 20ου αιώνα σε ολόκληρη την Ευρώπη, από τα Ουράλια έως το Γιβραλτάρ και από τη Μάλτα έως τη Λαπωνία. Το έργο του κύριου σεισμού ολοκλήρωσε ο καταστρεπτικός μετασεισμός (μέγεθος 6.9) που ακολούθησε 12 λεπτά αργότερα».
Πολλές χώρες προσφέρθηκαν να στείλουν βοήθεια για την ανακούφιση των σεισμοπλήκτων. Η μόνη χώρα της οποίας τη βοήθεια αρνήθηκε η Ελλάδα ήταν η Μεγάλη Βρετανία, προφανώς λόγω της εθνικής Επαναστάσεως της ΕΟΚΑ.
