Από την Πάρο ο τούρκικος στόλος ξεκίνησε για την Νάξο. Μόλις φάνηκαν οι γαλέρες οι κάτοικοι της πόλης έφυγαν προς το εσωτερικό του νησιού εγκαταλείποντας τα υπάρχοντα και τα κτήματα τους. Οι Τούρκοι με την αποβίβασή τους εισήλθαν με τη βία στον παραθαλάσσιο πύργο και τις παρακείμενες οικίες και με τη λύσσα που τους κατείχε, επειδή δεν βρήκαν κανέναν, κατέστρεψαν όλα εκείνα τα κτίρια και διέρρηξαν τις αποθήκες όπου υπήρχε σιτάρι, οίνος και λάδι.
Στο μεταξύ ο Χριστιανός απεσταλμένος του Τούρκου ναυάρχου του Μπαρμπαρόσα, ζήτησε ακρόαση από τον δούκα που διέμενε στο μέγαρο του στην άνω πόλη και του είπε εάν παραδώσει τη νήσο εκουσίως στον σουλτάνο που είναι ο κύριος της Ασίας και σύντομα και της Ευρώπης τότε θα έχει την εύνοια του, αν δε το κάνει εκουσίως τότε σημαίνει πως προσδοκά το μίσος του σουλτάνου και την αγανάκτησή του. Τότε θα αναγκαστεί να σκοτώσει όλους, τη σύζυγό του, τα παιδιά του, τους συμπολίτες του και όλους τους υπηκόους του και ανέφερε σαν παράδειγμα την καταστροφή της Αίγινας και της Πάρου. Ο δούκας του είπε να περιμένει να συσκεφθεί με τους συμβούλους του.
Το έντρομο συμβούλιο που συνήλθε γνωρίζοντας πως τα μέσα που είχαν ήταν δυσανάλογα με του εχθρού αποφάσισε να δεχθεί την πρόταση του Μπαρμπαρόσα προκειμένου να γλυτώσουν το θάνατό ή τον ανδραποδισμό. Έτσι στις 11 Νοεμβρίου ο Ιωάννης Δ’ παραδόθηκε και υποσχέθηκε να πληρώνει πέντε χιλιάδες δουκάτα σαν φόρο στον σουλτάνο και την ίδια μέρα πλήρωσε το φόρο του 1ου έτους .
Παρόλη την παράδοση του δούκα και την πληρωμή των φόρων τελικά η Νάξος η «βασίλισσα των Κυκλάδων « δεν γλύτωσε της λαφυραγώγησης και των καταστροφών, ξεπερνώντας όλα αυτά την αξία των εικοσιπέντε χιλιάδων δουκάτων.’’
Αυτά συνέβησαν το 1537 και καταγράφηκαν από τον ίδιο τον δούκα της Νάξου Ιωάννη Δ’ Κρίσπι, ένα χρόνο αργότερα σε νέα του εξόρμηση στο Αιγαίο ο Μπαρμπαρόσα με 120 γαλέρες εξαφανίζει οριστικά την Ενετική παρουσία στο Αιγαίο, στη Νάξο το φεουδαρχικό σύστημα διατηρείται αλλά υπό την εποπτεία του σουλτάνου. Στις εξορμήσεις αυτές του Μπαρμπαρόσα στην Νάξο καταστράφηκε ο μεγάλος πύργος του Σανούδου μέσα στο κάστρο της Νάξου. Σήμερα υπάρχει μόνο ένα μικρό τμήμα του που χρησιμοποιείται σαν δεξαμενή και η απεικόνιση του υπάρχει μόνο σε μια χαλκογραφία 1782 (φωτογραφία) που σίγουρα έγινε από περιγραφή.
